Gleichzeitig mit der erstmaligen eigenständigen Errichtung eines "Ministeriums für Natur und Umwelt" in Schleswig-Holstein im Jahr 1988 wurde die Initiative ergriffen, eine diesem Ministerium direkt zugeordnete und landesweit zuständige zentrale Fachbehörde für den Bereich des Natur- und Umweltschutzes zu errichten.
Diese von der Landesregierung proklamierte Absicht entsprang der Zielvorstellung, den Natur- und Umweltschutz in Schleswig-Holstein durch organisatorische und räumliche Zusammenlegung von Aufgaben und Ämtern in einem integrativ organisierten Landesamt für Natur und Umwelt zu optimieren und effektiver zu gestalten.
Die für das Frühjahr 1991 vorgesehene erste Kabinettsbefassung zu dieser Thematik verzögerte sich aufgrund überlagernder Probleme, die sich aus der Wiedervereinigung Deutschlands auch für das Land Schleswig-Holstein ergaben, sowie mehreren sich im Zusammenhang mit der Modernisierung der Landesverwaltung insgesamt ergebenden zentralen Fragestellungen.
Letztlich erfolgte die Kabinettsbefassung im August 1993 mit dem Beschluß, das LANU durch die Zusammenlegung der Untersuchungsstelle für Umwelttoxikologie, des Landesamtes für Naturschutz und Landschaftspflege, des Landesamtes für Wasserhaushalt und Küsten, des Geologischen Landesamtes und der Staatlichen Vogelschutzwarte zu errichten.
Aufgrund des 1994 dem Landtag vorgelegten Berichtes der Enquete-Kommission zur Entbürokratisierung der Verwaltung (EKEBÜ) erging die Entscheidung, auch das in Planung befindliche LANU als Modernisierungsprojekt einzubeziehen und durch ein Gutachten einer Unternehmensberatungsgesellschaft bereits im Vorwege organisatorische Gestaltungsvorschläge für die Binnenstruktur dieser Behörde sowie die Einbeziehung neuer Instrumente zur Verbesserung der Steuerungsfähigkeit dieses Amtes erarbeiten zu lassen. Den Empfehlungen des im Februar 1995 vorgelegten Gutachtens folgend wurde die Errichtung des LANU in mehreren Phasen unter Einsatz verschiedener Lenkungs- und Projektgruppen vorbereitet. Gleichzeitig wurden die Beschäftigten und die jeweiligen Gleichstellungsbeauftragten, Personalräte und Schwerbehindertenvertretungen der noch bestehenden Landesämter in diese Vorbereitungsmaßnahmen integriert.
Am 30. Oktober 1995 wurde die "Landesverordnung über die Errichtung des Landesamtes für Natur und Umwelt des Landes Schleswig-Holstein" (LANU-VO) erlassen, zum 27. Februar 1996 trat der "Organisationserlaß für das Landesamt für Natur und Umwelt des Landes Schleswig-Holstein" in Kraft.
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Fast gleichzeitig zur Vorlage des Gutachtens der Unternehmensberatungsgesellschaft ergab sich für die Landesregierung die Möglichkeit eine geeignete Liegenschaft zur Unterbringung des LANU vor den Toren der Landeshauptstadt anzumieten. Die Zusammenlegung der bisherigen Dienststellen bereits zu Beginn des Jahres 1996 bewirkte einen unter hohem Zeitdruck zustandekommenden Abschluß aller Arbeiten der bislang eingerichteten Lenkungs- und Projektgruppen sowie die konkrete Auseinandersetzung der Projektgruppe "Unterbringung des LANU" mit dem zur Verfügung stehenden Gebäude.
In der Zeit von September bis Dezember 1995 wurden von dieser Projektgruppe für das anzumietende Gebäude alle Rahmenbedingungen hinsichtlich der Raumbelegungsplanung, der Laborplanung, der Telefonausstattung, des Informationstechnik (IT) -Netzes, des Kantinenbetriebes sowie der inneren Angelegenheiten einschließlich der Büroausstattung, der Parkplatzbereitstellung und der Anbindung an öffentliche Verkehrsmittel erarbeitet. Parallel zur Vorbereitung des Auszuges aus den bisherigen Liegenschaften wurde das gesamte neue Bürogebäude in Flintbek in allerkürzester Zeit vollständig mit Glasfaser-Leitungen ausgestattet und umfangreiche Installations- und Umbaumaßnahmen durchgeführt.
Zeitgleich fanden unter Federführung des Umweltministeriums die Verhandlungen zur Anmietung des Gebäudes statt. Der über zehn Jahre abgeschlossene Mietvertrag konnte am 22. Dezember 1995 - zehn Tage vor dem Eintreffen der ersten Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter im neuen Dienstgebäude - unterzeichnet werden. Beim Umzug konnte der aufgestellte Zeitplan ausnahmslos eingehalten werden. Die sukzessive Belegung folgte den abschnittsweise fertiggestellten Umbaumaßnahmen "auf den Fuß", so daß die Behörde zu dieser Zeit neben einer Fülle von Umzugskartons auch mehrere "wandernde Baustellen" beherbergte.
Aufgrund außerordentlicher Anstrengungen - naturgemäß lag die organisatorische Hauptlast im Gründungsjahr bei der Allgemeinen Abteilung - konnten trotz der zeitlichen Enge alle Planungen hinsichtlich der Umbauarbeiten, des IT- und des Telefonnetzes, des Umzuges und der Errichtung einer hauseigenen Druckerei eingehalten werden. Ende Juni 1996 war die räumliche Zusammenführung des neuen Landesamtes abgeschlossen. Auf dem am 17. August 1996 stattfindenden "LANU-Familienfest" konnten die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter das neue Landesamt ihren Freunden und Verwandten erstmals als erfolgreich zusammengeführte Einheit präsentieren.
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Einhergehend mit der Zusammenführung erfolgte die Errichtung eines IT-Dezernates und eines Dezernates "Controlling". Konnte das IT-Dezernat neben der amtsweiten Verkabelung bereits trotz des Umzuges nahezu die ausfallsfreie Funktionsfähigkeit der verschiedenen Informationssysteme sicherstellen, so ist es darüber hinaus bereits im Gründungsjahr gelungen, einhergehend mit 155 durchgeführten IT-Schulungen die Zahl der im LANU installierten PC zu verdoppeln.
Aufgrund der intensiven Vorarbeiten des Dezernates Controlling konnte das LANU als Pilotvorhaben ein bereits mehrere Abteilungen einbeziehendes Projekt "Controlling im LANU" unter Verwendung einer eigens zu diesem Zwecke anzumietenden Software durchführen. Unter seiner Federführung konnte dem Ministerium für Umwelt, Natur und Forsten des Landes Schleswig-Holstein bereits im Dezember 1996 eine umfassende Aufgabenplanung des LANU für 1997 basierend auf einer zuvor erarbeiteten Festlegung der Ziele des Landesamtes und seiner Abteilungen überreicht werden.